Из практики: сегодня коллега обратилась в ВК с вопросом, надо ли ИП вести ВУ, сдавать Сведения при приеме/увольнении, сдавать Отчеты (Ф18 и Ф6), ей ответили, пока ничего не знаем, пока сдайте Список работающих у вас военнообязанных.
Советую обратиться в ваш Военкомат с данным вопросом. Считаю, что все военнообязанные должны быть учтены, какая разница кто работодатель организация или ИП.